Pelayanan kesehatan program Jamkesda menerapkan pelayanan berjenjang berdasarkan rujukan. Pelayanan rawat jalan tingkat pertama diberikan di PPK yang bekerjasama dengan UPT JPKM meliputi:

1. ruskesmas beserta jaringannya;
2. praktek dokter umum/gigi;
3. praktek bidan; dan
4. klinik pratama.

Pelayanan rawat jalan tingkat lanjut diberikan di rumah sakit da klinik utama yang bekerjasama dengan UPT JPKM.

Pelayanan rawat inap untuk peserta non mandiri diberikan di puskesmas perawatan dan ruang rawat inap kelas III di rumah sakit pemerintah dan rumah sakit swasta yang bekerjasama dengan UPT JPKM.

Pelayanan rawat inap untuk peserta mandiri, peserta non mandiri dengan iuran tidak dibiayai Pemerintah Daerah, dan peserta non mandiri dengan iuran dibiayai Pemerintah Daerah dapat memilih kelas sesuai dengan yang dikehendaki dengan penggantian biaya maksimal sebesar biaya rawat inap kelas III.

Pasien peserta Jamkesda mandiri, peserta non mandiri dengan iuran tidak dibiayai Pemerintah Daerah, dan peserta non mandiri dengan iuran dibiayai Pemerintah Daerah yang memiliki kartu jaminan selain Jamkesda, diatur sebagai berikut:

1. pasien berhak atas jaminan;
2. setelah pasien mendapat jaminan selain Jamkesda atau setelah pasien gagal dijamin selain Jamkesda;
3. besarnya jaminan Jamkesda maksimal sebesar paket dan biaya pelayanan berdasarkan peraturan ini dan diberikan senilai yang bila dijumlahkan dengan jaminan selain Jamkesda tidak melebihi 100% (seratus persen) biaya total pelayanan;
4. jika bukti-bukti administratif untuk keperluan klaim pembayaran sudah digunakan di selain Jamkesda, bukti-bukti administratif untuk keperluan klaim pembayaran di

Jamkesda dicukupkan dengan salinan/fotokopi yang dilegalisir PPK.

Pelayanan kesehatan pada keadaan gawat darurat bisa didapatkan di seluruh PPK walaupun tidak memiliki kerjasama, penggantian biaya pelayanan diklaimkan ke UPT JPKM.